公海彩船: 课题组长
姓名:
杨贝助理教授 研究员 博士生导师, PhD, 助理教授
职务:
所在院所:
公海彩船、免疫化学研究所
荣誉称号:
教育经历:
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2000/09—2004/06,武汉大学生物学基地班,学士
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2004/09—2010/07,中国科公海彩船上海生物化学与细胞生物学研究所,博士
博士后及工作经历:
- 2010/08—2013/06,美国国立健康研究院,博士后
- 2013/07—2015/07,美国加州大学伯克利分校,博士后
- 2015/11—2020/09,上海科技大学免疫化学研究所,副研究员
- 2020/10—至今,上海科技大学公海彩船、免疫化学研究所,研究员, 助理教授(TENURE-TRACK)
公海彩船: 课题组简介
研究内容:
实验室综合运用包括整合结构生物学、生物大分子质谱、基因编辑等在内的前沿技术体系,结合多种体外、体内评估手段,致力于解决具有临床意义的重要生物学问题。现阶段,本实验室主要针对一系列高风险传染性疾病(如艾滋病、疟疾等)以及遗传性罕见病(如地中海贫血、高血脂症等)开展分子病理机制方向的探索,并致力于针对这些疾病鉴定新型治疗靶点和开发相应的预防新手段(如新型疫苗)与治疗新方法(如基因治疗)。我们鼓励学生进行原创性探索、发展批判性思维,也致力于为各位同学提供自由的学术氛围和了解掌握不同前沿技术的机会。
公海彩船: 研究成果展示
近期科研成果: 1、位于HIV-1病毒表面的Env蛋白三聚体是艾滋病疫苗研发的焦点。我们报道了我国HIV-1病毒的主流亚型(即流行重组亚型CRF01_AE和CRF07_BC)的Env蛋白结构与免疫识别特征,揭示了CRF01_AE亚型的Env蛋白在V1区域的独有特征(图A-B)及其与该亚型的广谱中和抗体逃逸能力之间的关系(图C-D),并阐明了第一株分离自CRF01_AE感染个体的广谱中和抗体的新型中和机制(图E)。该研究拓宽了我们对于HIV-1流行重组亚型的认识,为后续针对我国主流HIV-1亚型开展免疫聚焦型疫苗设计和相关广谱中和抗体的应用开发提供了理论依据 (发表于 Nat. Commun., 公海彩船)。
2、通过对基因编辑工具蛋白进行结构指导的工程改造,我们参与创建并优化了多种精准高效的新型基因编辑(包括碱基编辑与导向编辑)系统(分别发表于 Cell Res., 2017; Nat. Biotechnol., 2018a; Nat. Biotechnol., 2018b; Cell Rep., 2020; Nat. Cell Biol., 2021; Nat. Commun., 2022)。目前,我们已初步探索了导向编辑技术在高风险传染性疾病的预防方向的应用潜力(发表于 Medcomm., 公海彩船),正与合作者一同推动新型碱基编辑技术在遗传性疾。ㄈ绲刂泻F堆、高血脂症等)治疗中的实际应用(部分临床前成果发表于 Cell Stem Cell, 公海彩船)。
3、我们发掘了人冠状病毒刺突蛋白的HR1基序作为广谱抗冠状病毒作用靶点的潜力(发表于 Acta Crystallogr. D, 2018),并在此基础上与合作者共同开发出了一种广谱抗冠状病毒抑制肽(发表于 Sci. Adv., 2019)。该抑制肽作为HR2基序的模拟物,以HR1基序为靶点,在动物实验中对多种人冠状病毒的感染表现出较好的抑制效果。在上述工作的基础上,我们继续描绘了α属冠状病毒刺突蛋白的抗原图谱,揭示了不同属的人冠状病毒的刺突蛋白之间在抗原特性上的共性与差异,为开发广谱冠状病毒疫苗提供了理论信息(发表于 Commun. Biol., 2022)。 4、3C蛋白是肠道病毒属(Enterovirus)病毒药物开发的热点之一。我们发现,3C蛋白除具有传统的蛋白酶功能外还在该属病毒的基因组复制过程中发挥了关键调控作用,并鉴定出了3C蛋白上负责与病毒基因组结合的全新可靶向位点。该新靶点具有很高的病毒属内保守性,可望用于指导后续针对该属病毒的广谱抑制剂研发工作(发表于PNAS, 2020)。目前,我们正在针对这一新可靶位点开展小分子化合物的筛选与验证工作。
公海彩船: 代表性论文(*第一作者,#通讯作者)
- 1. Niu, Jun*; Wang, Qi; Zhao, Wenwen; Meng, Bing; Xu, Youwei; Zhang, Xianfang; Feng, Yi; Qi, Qilian; Hao, Yanling; Zhang, Xuan; Liu, Ying; Xiang, Jiangchao; Shao, Yiming#; Yang, Bei#; .Structures and immune recognition of Env trimers from two Asia prevalent HIV-1 CRFs.NATURE COMMUNICATIONS. 04 Aug 公海彩船. 14(1).
- 2. Xiang, Jiangchao*; Su, Jie*; Lan, Qiaoshuai*; Zhao, Wenwen; Zhou, Yu; Xu, Youwei; Niu, Jun; X?a, Shuai; Qi, Qilian; Sidhu, Sachdev;Lu, Lu#; Miersch, Shane#; Yang, Bei#;.Antigenic mapping reveals sites of vulnerability on α-HCoV spike protein.Communications Biology. 2022, Nov 4th. 5(1):1179.
- 3. Jia, Xinshuo*; Li, Yanan*; Wang, Teng; Bi, Lulu; Guo, Lijuan; Chen, Ziting; Zhang, Xia; Ye, Shasha; Chen, Jia; Yang, Bei; Sun, Bo#; .Discrete RNA–DNA hybrid cleavage by the EXD2 exonuclease pinpoints two rate-limiting steps.THE EMBO JOURNAL. 04 Jan 公海彩船. 42:e111703.
- 4. Li, Xiaosa#*; Zhou, Lina*; Gao, Bao-Qing*; Li, Guangye; Wang, Xiao; Wang, Ying; Wei, Jia; Han, Wenyan; Wang, Zixian; Li, Jifang; Gao, Runze; Zhu, Junjie; Xu, Wenchao; Wu, Jing; Yang, Bei; Sun, Xiaodong#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Highly efficient prime editing by introducing same-sense mutations in pegRNA or stabilizing its structure.NATURE COMMUNICATIONS. 29 Mar 2022. 13(1):1669.
- 5. Wang, Lijie*; Xue, Wei*; Zhang, Hongxia*; Gao, Runze*; Qiu, Houyuan*; Wei, Jia; Zhou, Lina; Lei, Yun-Ni; Wu, Xiaocheng; Li, Xiao; Liu, Chengfang; Wu, Jing; Chen, Qiubing; Ma, Hanhui; Huang, Xingxu; Cai, Cheguo; Zhang, Ying; Yang, Bei#; Yin, Hao#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Eliminating base-editor-induced genome-wide and transcriptome-wide off-target mutations.NATURE CELL BIOLOGY. May 2021. 23(5):552-563.
- 6. Xiaojie Shi*; Yue Wan*; Nan Wang*; Jiangchao Xiang*; Tao Wang; Xiaofeng Yang; Ju Wang; Xuxue Dong; Liang Dong; Lei Yan; Yu Li; Lili Liu; Shinchen Hou; Zhenwei Zhong; Ian A. Wilson; Bei Yang; Guang Yang#; Richard A. Lerner#; .Selection of a picomolar antibody that targets CXCR2-mediated neutrophil activation and alleviates EAE symptoms.NATURE COMMUNICATIONS. 05 May 2021.
- 7. Meng, Bing*; Lan, Keke; Xie, Jia; Lerner, Richard A.; Wilson, Ian A.#; Yang, Bei#; .Inhibitory antibodies identify unique sites of therapeutic vulnerability in rhinovirus and other enteroviruses.PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 16 Jun 2020. 117(24):13499-13508.
- 8. Wang, Xiao*; Ding, Chengfeng*; Yu, Wenxia*; Wang, Ying*; He, Siting*; Yang, Bei*; Xiong, Yi-Chun; Wei, Jia; Li, Jifang; Liang, Jiayi; Lu, Zongyang; Zhu, Wei; Wu, Jing; Zhou, Zhi; Huang, Xingxu; Liu, Zhen#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Cas12a Base Editors Induce Efficient and Specific Editing with Low DNA Damage Response.CELL REPORTS. 02 Jun 2020. 31(9).
- 9. Cui, Yan-ru*; Wang, Shao-jie*; Chen, Jun; Li, Jie; Chen, Wenzhang; Wang, Shuyue; Meng, Bing; Zhu, Wei; Zhang, Zhuhong; Yang, Bei; Jiang, Biao; Yang, Guang; Ma, Peixiang#; Liu, Jia#; .Allosteric inhibition of CRISPR-Cas9 by bacteriophage-derived peptides.GENOME BIOLOGY. 26 Feb 2020. 21(1).
- 10. Xu, Juncao*; Cui, Kaijie*; Shen, Liqiang; Shi, Jing; Li, Lingting; You, Linlin; Fang, Chengli; Zhao, Guoping#; Feng, Yu#; Yang, Bei#; Zhang, Yu#; .Crl activates transcription by stabilizing active conformation of the master stress transcription initiation factor.ELIFE. 17 Dec 2019. 8.
- 11. Yang, Li#*; Yang, Bei#; Chen, Jia#; .One Prime for All Editing.CELL. Dec 2019. 179(7):1448-1450.
- 12. Zhao, Quanju*; Ren, Chaowei*; Liu, Linyi*; Chen, Jinju; Shao, Yubao; Sun, Ning; Sun, Renhong; Kong, Ying; Ding, Xinyu; Zhang, Xianfang; Xu, Youwei; Yang, Bei; Yin, Qianqian#; Yang, Xiaobao#; Jiang, Biao#; .Discovery of SIAIS178 as an Effective BCR-ABL Degrader by Recruiting Von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase.JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY. 24 Oct 2019. 62(20):9281-9298.
- 13. Wang, Ying*; Gao, Runze*; Wu, Jing*; Xiong, Yi-Chun; Wei, Jia; Zhang, Sipin; Yang, Bei; Chen, Jia#; Yang, Li#; .Comparison of cytosine base editors and development of the BEable-GPS database for targeting pathogenic SNVs.GENOME BIOLOGY. Oct 2019. 20(1).
- 14. Chen, Jia#*; Yang, Bei#; Yang, Li#; .To BE or not to BE, that is the question.NATURE BIOTECHNOLOGY. May 2019. 37(5):520-521.
- 15. Xia, Shuai*; Yan, Lei*; Xu, Wei*; Agrawal, Anurodh Shankar; Algaissi, Abdullah; Tseng, Chien-Te K.; Wang, Qian; Du, Lanying; Tan, Wenjie; Wilson, Ian A.#; Jiang, Shibo#; Yang, Bei#; Lu, Lu#; .A pan-coronavirus fusion inhibitor targeting the HR1 domain of human coronavirus spike.SCIENCE ADVANCES. Apr 2019. 5(4).
- 16. Yang, Bei#*; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Development and Application of Base Editors.CRISPR JOURNAL. Apr 2019. 2(2):91-104.
- 17. Wang, Xiao*; Li, Jianan*; Wang, Ying*; Yang, Bei*; Wei, Jia*; Wu, Jing; Wang, Ruixuan; Huang, Xingxu#; Chen, Jia#; Yang, Li#; .Efficient base editing in methylated regions with a human APOBEC3A-Cas9 fusion.NATURE BIOTECHNOLOGY. Oct 2018. 36(10):946-949.
- 18. Yan, Lei*; Meng, Bing; Xiang, Jiangchao; Wilson, Ian A.#; Yang, Bei#; .Crystal structure of the post-fusion core of the Human coronavirus 229E spike protein at 1.86 angstrom resolution.ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY. Sep 2018. 74:841-851.
- 19. Zhao wenwen*; Li Jifang*; Wang Xiao*; Xu Wei*; Gao Baoqing*; Xiang jiangchao; Hou Yaofeng; Liu Wei; Wu Jing; Qi Qilian; Wei Jia; Yang xiaoyu; Lu Lu#; Yang Li#; Chen Jia#; Yang Bei#; .Prime editor-mediated functional reshaping of ACE2 prevents the entry of multiple human coronaviruses, including SARS-CoV-2 variants.MedComm. Sep 公海彩船. 4:e356.
- 20. Qiang, Min*; Dong, Xue*; Zha, Zhao; Zuo, Xiao-Kun; Song, Xing-Lei; Zhao, Lixia; Yuan, Chao; Huang, Chen; Tao, Pingdong; Hu, Qin; Li, Wei-Guang; Hu, Wanhui; Li, Jie; Nie, Yan; Buratto, Damiano; Zonta, Francesco; Ma, Peixiang; Yu, Zheng; Liu, Lili; Zhang, Yi; Yang, Bei; Xie, Jia; Xu, Tian-Le; Qu, Zhihu#; Yang, Guang#; Lerner, Richard A.#; .Selection of an ASIC1a-blocking combinatorial antibody that protects cells from ischemic death.PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 07 Aug 2018. 115(32):E7469-E7477.
- 21. Li, Xiaosa*; Wang, Ying*; Liu, Yajing*; Yang, Bei*; Wang, Xiao; Wei, Jia; Lu, Zongyang; Zhang, Yuxi; Wu, Jing; Huang, Xingxu#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Base editing with a Cpf1-cytidine deaminase fusion.NATURE BIOTECHNOLOGY. Apr 2018. 36(4):324-327.
- 22. Lei, Liqun*; Chen, Hongquan*; Xue, Wei*; Yang, Bei*; Hu, Bian*; Wei, Jia; Wang, Lijie; Cui, Yiqiang; Li, Wei; Wang, Jianying; Yan, Lei; Shang, Wanjing; Gao, Jimin; Sha, Jiahao; Zhuang, Min; Huang, Xingxu; Shen, Bin#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .APOBEC3 induces mutations during repair of CRISPR-Cas9-generated DNA breaks.NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY. Jan 2018. 25(1):45-52.
- 23. Wang, Lijie*; Xue, Wei*; Yan, Lei*; Li, Xiaosa; Wei, Jia; Chen, Miaomiao; Wu, Jing; Yang, Bei#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Enhanced base editing by co-expression of free uracil DNA glycosylase inhibitor.CELL RESEARCH. Oct 2017. 27(10):1289-1292.
- 24. Yang, Bei#*; Li, Xiaosa; Lei, Liqun; Chen, Jia#; .APOBEC: From mutator to editor.JOURNAL OF GENETICS AND GENOMICS. Sep 2017. 44(9):423-437.
- 25. Han, Wenyan*; Qiu, Hou-Yuan*; Sun, Shangwu*; Fu, Zhi-Can*; Wang, Guo-Quan*; Qian, Xiaowen*; Wang, Lijie; Zhai, Xiaowen; Wei, Jia; Wang, Yichuan; Guo, Yi-Lin; Cao, Guo-Hua; Ji, Rui-Jin; Zhang, Yi-Zhou; Ma, Hongxia; Wang, Hongsheng; Zhao, Mingli; Wu, Jing; Bi, Lili; Chen, Qiu-Bing; Li, Zifeng; Yu, Ling; Mou, Xiaodun; Yin, Hao; Yang, Li#; Chen, Jia#; Yang, Bei#; Zhang, Ying#; .Base editing of the HBG promoter induces potent fetal hemoglobin expression with no detectable off-target mutations in human HSCs.CELL STEM CELL. Nov 公海彩船.
公海彩船: 项目
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1. 上海市浦江人才项目,上海市科学技术委员会,项目负责人
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2. 国家自然科学基金青年项目,国家自然科学基金委,项目负责人
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3. 2021-国家自然科学基金面上项目,国家自然科学基金委,项目负责人
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4. 国家重点研发计划 ,中华人民共和国科技部,课题参与人员(非负责人)
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5. 国家科技重大专项‘艾滋病疫苗研究’,中华人民共和国科技部,课题参与人员(非负责人)
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6. 公海彩船-上海市公海彩船年度“科技创新?动计划” ?上项?,上海市科学技术委员会,项目负责人
公海彩船: 奖励
- 1. 2016年,浦江人才
- 2. 2020、2021、2022,上海科技大学优秀教师
- 3. 2020,中国性病艾滋病防治协会,艾滋病病毒学专业委员会委员
公海彩船: 课题组成员及合影
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姓名:戚琪莲
身份:工程师
在组时间:2016/01-至今
邮箱:qiql@@shanghaitech.edu.cn
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姓名:张仙芳
身份:工程师
在组时间:2016/07-至今
邮箱:zhangxf1@@shanghaitech.edu.cn
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姓名:张轩
身份:博士研究生
在组时间:2018-至今
邮箱:zhangxuan@@shanghaitech.edu.cn
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姓名:赵文文
身份:硕士研究生
在组时间:2019-至今
邮箱:zhaoww@@shanghaitech.edu.cn
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姓名:孙尚武
身份:硕士研究生
在组时间:2020-至今
邮箱:sunshw@@shanghaitech.edu.cn
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姓名:王琪
身份:硕士研究生
在组时间:2020-至今
邮箱:wangqi3@shanghaitech.edu.cn
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姓名:罗雅心
身份:硕士研究生
在组时间:2021-至今
邮箱:luoyx1@shanghaitech.edu.cn
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姓名:周宇
身份:硕士研究生
在组时间:2021-至今
邮箱:zhouyu3@shanghaitech.edu.cn
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姓名:朱梦尧
身份:硕士研究生
在组时间:2021-至今
邮箱:zhumy@shanghaitech.edu.cn
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姓名:候耀峰
身份:硕士研究生
在组时间:2022-至今
邮箱:houyf2022@shanghaitech.edu.cn
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