公海彩船

头像

公海彩船:赵素文, PhD副教授 研究员 博士生导师

电话:

邮箱: zhaosw@@shanghaitech.edu.cn

传真: 86-21-20685430

地址: 上海市浦东新区华夏中路393号

KMS个人画像

中文信息English
计算化学与生物学实验室

公海彩船: 课题组长

姓名:

赵素文副教授 研究员 博士生导师, PhD, 副教授

职务:

所在院所:

公海彩船、iHuman研究所

荣誉称号:

教育经历:
  • 1999/09—2004/07,中国科学技术大学,学士
  • 2004/08—2009/10,美国哥伦比亚大学,博士
博士后及工作经历:
  • 2009/10—2010/04,美国哥伦比亚大学,博士后
  • 2010/05—2014/11,美国加州大学旧金山分校,博士后
  • 2014/11—2022/01,上海科技大学公海彩船、iHuman研究所,助理教授(TENURE-TRACK)
  • 2022/01—至今,上海科技大学公海彩船、iHuman研究所,副教授(TENURED)

公海彩船: 课题组简介

研究方向:
计算生物学;计算化学;蛋白质序列-结构-功能关系
研究内容:

课题组主要致力于开发和应用各种计算化学和计算生物学方法来研究蛋白质序列-结构-功能关系关系。研究方向集中于两点:

(1)膜蛋白的药物研发与机理研究;

(2)酶的功能预测、机理研究以及代谢通路预测。


课题组网站:
https://ihuman.shanghaitech.edu.cn/zsw/main.htm

公海彩船: 研究成果展示

我们通过残基接触打分(Residue-Residue Contact Score, RRCS)分析了A家族GPCR 200多个结构残基层面的构象变化,发现A家族GPCR共享一个由34个氨基酸残基对(35个残基)构成的激活通路,揭示了A家族GPCR的共同激活机制。

Zhou Q, Yang D, Wu M, Guo Y, Guo W, Zhong L, Cai X, Dai A, Jang W, Shakhnovich EI, Liu ZJ, Stevens RC, Lambert NA, Babu MM*, Wang MW*, Zhao S*.Common activation mechanism of class A GPCRs. eLife. 2019 Dec 19;8. pii: e50279. doi: 10.7554/eLife.50279


Z基因组由四种核苷,ZTCG组成,其中的生物合成途径此前是未知的。通过生物信息学分析,我们确定了一个负责Z基因组合成的多酶系统,这些酶的功能已经在体外和体内得到验证。我们的研究表明,Z基因组噬菌体具有遍布全球,这些噬菌体可以感染蓝藻门、放线菌门和变形菌门的细菌。因此推测至少在35亿年前,具有ZTCG基因组的生物体很可能已经与具有ATCG基因组的生物体同时存在于地球上。Z基因组合成通路的阐明也将推动Z基因组相关的合成生物学的研究。


Zhou Y.; Xu X.; Wei Y.; Cheng Y.; Guo Y.; Khudyakov I.; Liu F.; He P.; Song Z.; Li Z.; Gao Y.; Ang E. L.; Zhao H.*; Zhang Y.*; Zhao S.*, A widespread pathway for substitution of adenine by diaminopurine in phage genomes. Science, 2021 April 30, 372(6541):512-516. doi:10.1126/science.abe4882.


我们从PDB晶体结构出发,筛选构建了一个含有8145个配体结合构象的高质量数据集。针对该数据集,我们计算了配体的构象张力能(Ligand conformational strain energy, LCSE),为PDB中配体的LCSE提供了一个全面的画像,这将有助于配体构象生成,配体结合模式评估,以及通过减少张力能来进行先导化合物优化。


Tong J, Zhao S*.Large-Scale Analysis of Bioactive Ligand Conformational Strain Energy by Ab Initio Calculation.J Chem Inf Model. 2021 Mar 22;61(3):1180-1192. doi: 10.1021/acs.jcim.0c01197.


我们分别解析了结合部分激动剂以及拮抗剂的肾上腺素受体α2A晶体结构,同结合部分激动剂的结构比较,全激动剂会与Y3946.55形成氢键。我们发现在结合部分激动剂的肾上腺素受体α2A招募Gs的过程中ICL2扮演重要角色。同β肾上腺素受体相比, F4127.39在肾上腺素受体α2A至关重要。




Qu L, Zhou Q, Xu Y, Guo Y, Chen X, Yao D, Han GW, Liu ZJ, Stevens RC, Zhong G*, Wu D*, Zhao S*Structural basis of the diversity of adrenergic receptors.Cell Rep. 2019 Dec 3;29(10):2929-2935.e4. doi: 10.1016/j.celrep.2019.10.088.


我们基于nhmmer开发了一个嗅觉受体注释工具Genome2OR,最终从1608个脊索动物基因组中注释出765248个嗅觉受体,其中有404426个功能基因以及360822个假基因。在注释数据的基础上,我们建立了一个名为脊索动物嗅觉受体数据库(Chordata Olfactory Receptor Database,CORD)的数据库,用于存档、分析和传播数据。

Han W, Wu Y, Zeng L, Zhao S*Building the Chordata Olfactory Receptor Database using more than 400,000 receptors annotated by Genome2OR.Sci China Life Sci. 2022 Jun 10. doi: 10.1007/s11427-021-2081-6.


公海彩船: 代表性论文(*第一作者,#通讯作者)

公海彩船: 专著

GPCR Allosteric Modulator Discovery. Wu, Yiran; Tong, Jiahui; Ding, Kang; Zhou, Qingtong; Zhao, Suwen. Book Chapter in Protein Allostery in Drug Discovery, Advances in Experimental Medicine and Biology. 1163:225-251

公海彩船: 专利

公海彩船: 项目

公海彩船: 奖励

  • 1. 2016年,浦江人才
  • 2. 2017年,上海市青年拔尖人才

公海彩船: 加入我们

公海彩船: 课题组成员及合影

  • 姓名:吴屹然
    身份:助理研究员
    在组时间:2014/06-至今
    邮箱:wuyr@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:李文婧
    身份:助理研究员
    在组时间:2021.06-至今
    邮箱:liwj@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:韩伟
    身份:博士后
    在组时间:2016/11-至今
    邮箱:hanwei@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:樊满琳
    身份:博士研究生
    在组时间:2018/03-至今
    邮箱:fanml@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:林菁
    身份:博士研究生
    在组时间:2018/09-至今
    邮箱:linjing@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:吴欣颖
    身份:博士研究生
    在组时间:2020/01-至今
    邮箱:WUxy2@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:成语
    身份:助理工程师
    在组时间:2019/09-至今
    邮箱:chengyu@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:曾丽婷
    身份:博士研究生
    在组时间:2021.1-至今
    邮箱:zenglt@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:杨书逸
    身份:硕士研究生
    在组时间:2021.1-至今
    邮箱:yangsy@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:陈荟玉
    身份:硕士研究生
    在组时间:2022.1-至今
    邮箱:chenghy@shanhaitech.edu.cn
  • 姓名:禹柯鑫
    身份:硕士研究生
    在组时间:2022.1-至今
    邮箱:yukx@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:王文通
    身份:硕士研究生
    在组时间:2022.1-至今
    邮箱:wangwt@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:贾宇
    身份:硕士研究生
    在组时间:2022.1-至今
    邮箱:jiayu@shanghaitech.edu.cn


返回原图
/

 

公海彩船 - 【科技】有限公司